Um comparativo de alguns dos programas que rodas no windows e seu similares para Linux.

Windows X Linux
Softwares Softwares
Escritório Escritório
Microsoft Word OpenOffice Writer
Microsoft Excel OpenOffice Calc
Microsoft PowerPoint OpenOffice Impress
Microsoft Access OpenOffice Base
WordPAD Kwrite / Gwrite
Internet / Rede Internet / Rede
Microsoft FrontPage NVU / Bluefish / Quanta Plus
Internet Explorer Konqueror / Netscape /
Firefox
ICQ Licq
MSN Messenger AMSN / Mercury
Bittorrent Azureus
Getright Wget / Kget
Emule Xmule
LimeWire (Kazaa) Limewire
Winvnc RFBDrake / TightVNC
Outlook Express Mozilla Messenger /
Thunderbird
Acesso à Rede Dial UP Kppp
BlackICE Kmyfirewall / IPTables /
Nessus
Configuração Configuração
Adicionar/Remover Programas RPM / Apt Get
Painel de Controle Kcontrol / Gnome Control
Center
Ambiente Gráfico Ambiente Gráfico
Ambiente Windows KDE / Gnome / WindowsMaker
Manipuladores de Imagens Manipuladores de Imagens
Corel Draw Inkscape / Sodipodi
Adobe Photoshop The GimpShop / The Gimp
3D Studio Blender
Paint Blush KolourPaint / Kpaint
Emuladores Emuladores
Gens Gens
Zsnes Zsnes
Dos Dosbox
Stella32 Kstella
Visualizadores Visualizadores
Acrobat Reader Ghostscript / Acrobat Reader
ACDSee/IfanView GTKSee / Eletric Eyes
Audio Audio
Winamp Xmms
Windows Media Player Xine / Mplayer
RealPlayer Realplayer
Antivírus Antivírus
Norton Antivírus / AVG /
Mcafee
Rav Antivírus / Amavis /
Mcafee
Jogos Jogos
Paciência Paciência
Campo Minado Kminas
Queimadores de CD Queimadores de CD
Nero Burn Rom NeroLinux / K3B
Compactadores Compactadores
Winzip/Winrar/Winace Ark / Fileroller / Gnozip
CAD CAD
AutoCAD VariCAD / FreeCAD
Gerenciadores de Arquivos Gerenciadores de Arquivos
Windows Explorer Konqueror / Nautilus
Tradutores On Line Tradutores On Line
Babilon StarDict
Máquina Virtual Máquina Virtual
Vmware Vmware
Hardwares Hardwares
COM1 / COM2 /dev/ttyS0 / /dev/ttyS1
LPT1 / LPT2 /dev/parport / /dev/lp0
Floppy Drive ( A: ) /dev/fd0 ( /mnt/floppy )
HardDisk ( C: ) /dev/hda ( / )
CDROM Drive ( D: ) /dev/cdrom ( /mnt/cdrom )
DVDROM Drive ( E: ) /dev/dvd ( /mnt/cdrom2 )
Som ( Wav, MP3 ) /dev/dsp
Sintetizador MIDI (MIDI, MID) /dev/mixer
Mouse PS/2 /dev/psaux
Porta USB /dev/usb
Joystick /dev/js0

Fonte: http://www.linuxall.kit.net/comparacoes_lista.html